为了测试我使用spanning_tree_distribution
生成的指数分布,我需要能够从该分布中抽样一个树。Asadpour论文中使用的主要参考文献是V. G. Kulkarni (1989) 的《生成随机组合对象》。虽然我无法找到这篇论文的在线版本,但密歇根理工大学图书馆有一个副本,我能够阅读它。
Kulkarni算法是否适用于Asadpour?#
Kulkarni在第2节中对该算法进行了概述,但第5节的标题为“随机生成树”,从第200页开始。首先,让我们检查一下Kulkarni论文第200页的预备知识是否与Asadpour算法匹配。
令$G = (V, E)$为一个具有$M$个节点和$N$条弧的无向网络……令$\mathfrak{B}$为$G$中所有生成树的集合。令$\alpha_i$为弧$i \in E$的正权重。定义生成树$B \in \mathfrak{B}$的权重$w(B)$为
$$w(B) = \prod_{i \in B} \alpha_i$$
同样定义
$$n(G) = \sum_{B \in \mathfrak{B}} w(B)$$
在本节中,我们描述了一种生成$B \in \mathfrak{B}$的算法,使得
$$P\{B \text{ is generated}\} = \frac{w(B)}{n(G)}$$
我们可以立即看到$\mathfrak{B}$与Asadpour论文中的$\mathcal{T}$相同,即所有生成树的集合。每条边的权重对于Kulkarni是$\alpha_i$,对于Asadpour是$\lambda_e$。至于图的权重的乘积作为概率,Asadpour论文在第382页指出
给定$\lambda*e \geq 0$对于$e \in E$,$G$的$\lambda$*-随机树_ $T$是从$G$的所有生成树集合中选择的树,其概率与$\prod_{e \in T} \lambda_e$成正比。
所以这不是问题。最后,$n(G)$可以写成
$$\sum_{T \in \mathcal{T}} \prod_{e \in T} \lambda_e$$
这在Asadpour论文中多次出现。因此,Kulkarni和Asadpour论文之间的预备知识是一致的。
Kulkarni算法#
Kulkarni给出的通用算法的专门版本是第202页上的算法A8。
$U = \emptyset,$ $V = E$
执行$i = 1$到$N$;
$\qquad$令$a = n(G(U, V))$
$\qquad\qquad a’$ $= n(G(U \cup {i}, V))$
$\qquad$生成$Z \sim U[0, 1]$
$\qquad$如果$Z \leq \alpha_i \times \left(a’ / a\right)$
$\qquad\qquad$则$U = U \cup {i}$,
$\qquad\qquad$否则$V = V - {i}$
$\qquad$结束。
停止。$U$是所需的生成树。
现在我们必须理解这个算法,以便我们能够为它创建伪代码。首先作为符号解释,“生成$Z \sim U[0, 1]$”意味着在区间$[0, 1]$上选择一个均匀随机变量,该变量独立于之前生成的所有随机变量(有关更多信息,请参见Kulkarni第188页)。内置的python模块random
可以在这里使用。查看实值分布,我相信使用random.uniform(0, 1)
优于random.random()
,因为后者没有生成“1”的概率,而这在Kulkarni论文中讨论的区间中明确包含。
另一个符号上的奇特之处将是类似于$G(U, V)$的语句,在这种情况下,它并不指以$U$作为顶点集和$V$作为边集的图,因为$U$和$V$都是完整边集$E$的子集。
$G(U, V)$在Kulkarni论文第201页中定义为
令$G(U, V)$为$G$的子图,通过删除不在$V$中的弧,以及收缩在$U$中的弧(即,识别$U$中弧的端节点)并删除由此产生的所有自环和收缩来获得。
这种语言似乎有点……笨拙,特别是对于$U$中的边。在这种情况下,“收缩在$U$中的弧”将是收缩这些边而不产生自环。幸运的是,此功能是NetworkX的一部分,使用networkx.algorithms.minors.contracted_edge
并将self_loops
关键字参数设置为False
。
至于$E - V$中的边,这可以通过使用networkx.MultiGraph.remove_edges_from
轻松实现。
一旦我们生成了$G(U, V)$,我们就需要找到$n(G(U, V)$。这可以使用我们已经熟悉的东西来完成:基尔霍夫树矩阵定理。我们只需要创建拉普拉斯矩阵,然后找到第一个余子式的行列式即可。此代码可能会直接从spanning_tree_distribution
函数中获取。实际上,这是一个创建更广泛的辅助函数krichhoffs
的地方,它将接收一个图并返回其中加权生成树的数量,然后将其用作spanning_tree_distribution
中的q
和sample_spanning_tree
的一部分。
从这里,我们将$Z$与$\alpha_i \left(a’ / a\right)$进行比较,以查看该边是添加到图中还是被丢弃。理解算法的过程为$U$和$V$的含义提供了背景。$U$是我们已决定包含在生成树中的边的集合,而$V$是尚未考虑用于$U$的边的集合(粗略地说)。
现在,Kulkarni给出的算法中仍然存在一些模糊性,主要是关于$i$的。在循环条件中,$i$是从1到$N$的整数,即图中弧的数量,但稍后将其添加到$U$中,因此它必须是一条边。参考Asadpour论文,它在第383页开始描述抽样$\lambda$ -随机树,说“思路是任意对$G$的边$e_1, \dots, e_m$进行排序,并逐个处理它们”。所以我认为边的解释是正确的,Kulkarni使用的整数表示法假设已经发生了将边映射到${1, 2, \dots, N}$的操作。
sample_spanning_tree伪代码#
是时候编写一些伪代码了!从函数签名开始
def sample_spanning_tree
Input: A multigraph G whose edges contain a lambda value stored at lambda_key
Output: A new graph which is a spanning tree of G
接下来是初始化
U = set()
V = set(G.edges)
shuffled_edges = shuffle(G.edges)
现在U
和V
的定义直接来自算法A8,但shuffled_edges
是新的。我的想法是这将是我们用于$i$的东西。我们对图的边进行洗牌,然后在循环中,我们迭代shuffled_edges
中的边。接下来我们有循环。
for edge e in shuffled_edges
G_total_tree_weight = kirchhoffs(prepare_graph(G, U, V))
G_i_total_tree_weight = kirchhoffs(prepare_graph(G, U.add(e), V))
z = uniform(0, 1)
if z <= e[lambda_key] * G_i_total_tree_weight / G_total_tree_weight
U = U.add(e)
if len(U) == G.number_of_edges - 1
# Spanning tree complete, no need to continue to consider edges.
spanning_tree = nx.Graph
spanning_tree.add_edges_from(U)
return spanning_tree
else
V = V.remove(e)
主循环体确实使用了两个不在标准NetworkX库中的其他函数,krichhoffs
和prepare_graph
。正如我之前提到的,krichhoffs
将对图应用基尔霍夫定理。此函数的伪代码如下,并严格基于spanning_tree_distribution
的q
中现有代码,该代码将更新为使用此新的辅助函数。
def krichhoffs
Input: A multigraph G and weight key, weight
Output: The total weight of the graph's spanning trees
G_laplacian = laplacian_matrix(G, weight=weight)
G_laplacian = G_laplacian.delete(0, 0)
G_laplacian = G_laplacian.delete(0, 1)
return det(G_laplacian)
另一个辅助函数prepare_graph
的过程也给出了。
def prepare_graph
Input: A graph G, set of contracted edges U and edges which are not removed V
Output: A subgraph of G in which all vertices in U are contracted and edges not in V are
removed
result = G.copy
edges_to_remove = set(result.edges).difference(V)
result.remove_edges_from(edges_to_remove)
for edge e in U
nx.contracted_edge(e)
return result
我想对NetworkX API进行的另一个更改是。目前,networkx.algorithms.minors.contracted_edge
被编程为始终返回图的副本。由于我需要一次收缩多条边,因此就地执行收缩更有意义。我想向contracted_edge
添加一个可选的关键字参数copy
,它默认为True
,以便整体功能不会改变,但我将能够执行就地收缩。
后续步骤#
最明显的一个是实现我在伪代码步骤中列出的函数,但测试仍然是一个令人担忧的领域。我最好的办法是抽样1000棵树,并检查每棵树的概率是否等于其边上所有lambda的乘积。
这实际上让我想到了一种新的spanning_tree_distribution
测试。如果我生成分布,然后使用SpanningTreeIterator
迭代所有生成树,我可以对每棵树被抽样的总概率求和,如果该和不等于1(或非常接近1),那么我没有一个有效的生成树分布。
参考文献#
A. Asadpour、M. X. Goemans、A. Mardry、S. O. Ghran 和 A. Saberi,《非对称旅行商问题的o(log n / log log n)近似算法》,SODA ’10,工业与应用数学学会,2010 年,第 379-389 页,https://dl.acm.org/doi/abs/10.5555/1873601.1873633。
V. G. Kulkarni,《生成随机组合对象》,算法杂志,11 (1990),第 185–207 页。